Ajouter une espèce de vecteur

EMOD nous permet de spécifier la distribution des espèces de moustiques dans la simulation et de spécifier le cycle de vie, l’habitat larvaire et les paramètres de transmission pour chaque espèce.

Une seule espèce

L’exemple ci-dessous remplirait le modèle avec 100% de moustiques gambiae et peut être inclus dans le config builder avec un simple add_species().

import emodpy_malaria.malaria_config as conf
conf.add_species(config, manifest, ["gambiae"])

Les paramètres par défaut apparaissent dans le fichier de configuration pour A. gambiae. Certains paramètres par défaut diffèrent d’une espèce à l’autre et les paramètres par défaut d’EMOD peuvent être trouvés ici.

Espèces multiples

Nous pouvons également inclure un mélange d’espèces de vecteurs, en ajoutant plusieurs populations de vecteurs avec des paramètres spécifiques à chaque espèce.

import emodpy_malaria.malaria_config as conf
conf.add_species(config, manifest, species_to_select=["gambiae", "arabiensis"])

Pour chaque espèce répertoriée dans Vector_Species_Params, un objet “VectorPopulation” sera ajouté à la simulation à chaque nœud. Chaque espèce sera définie par des paramètres dans le fichier de configuration de la simulation pour l’écologie et le comportement des vecteurs de l’espèce. Cela permet une description mécaniste de l’abondance et du comportement des vecteurs à travers les effets du climat et des conditions météorologiques sur les différents habitats larvaires préférés.

Modifier les paramètres des espèces de vecteurs

Pour modifier les paramètres des espèces vectorielles par rapport aux valeurs par défaut, utilisez la fonction set_species_param().

import emodpy_malaria.malaria_config as conf
# Exemple : Diminuer le "Transmission_Rate" de A. arabiensis de 0,9 (valeur par défaut) à 0,75.
conf.set_species_param(config, 
                     species="arabiensis", 
                     parameter="Transmission_Rate", 
                     value=0.75, 
                     overwrite=False # Si Vrai, remplace toutes les valeurs stockées précédemment
                     )

Modifier les paramètres de l’habitat des espèces

Les paramètres de l’habitat larvaire de chaque espèce de vecteur peuvent également être modifiés.

import emodpy_malaria.malaria_config as conf
# Exemple : Ajouter la disponibilité de l'habitat marécageux saumâtre pour A. arabiensis uniquement. 
new_habitats = {"arabiensis": {"BRACKISH_SWAMP": 1.7e9, "Max_Larval_Capacity": 30000000.0}}
for species, habitat in new_habitats.items():
    conf.set_species_param(config, species,
                         parameter="Larval_Habitat_Types", 
                         value= habitat, 
                         overwrite=False # Ne supprime pas les types d'habitats précédents
                         )