Ajouter la génétique vectorielle

L’inclusion de la génétique des vecteurs peut être utile pour certaines questions de recherche, telles que celles qui incluent des informations sur la résistance aux insecticides.

Ajouter la génétique vectorielle de base

from emodpy_malaria import vector_config as vector_config
config.parameters.Simulation_Type = "VECTOR_SIM"
vector_config.set_team_defaults(config, manifest)  # team defaults
vector_config.add_species(config, manifest, ["gambiae", "funestus"])

vector_config.add_genes_and_alleles(config, manifest, "gambiae", 
                                  [("a", 0.85), ("b", 0.1), ("c", 0.05)])
                                  
vector_config.add_mutation(config, manifest, "gambiae", 
                                    mutate_from="a", mutate_to="b", probability=0.05)
vector_config.add_mutation(config, manifest, "gambiae", 
                                    mutate_from="b", mutate_to="c", probability=0.1)
vector_config.add_mutation(config, manifest, "gambiae", 
                                    mutate_from="c", mutate_to="a", probability=0.1)
vector_config.add_mutation(config, manifest, "gambiae", 
                                    mutate_from="a", mutate_to="c", probability=0.03)

Des détails supplémentaires sur la mise en place de la génétique des vecteurs sont inclus dans la documentation.

Les rapports sur la génétique des vecteurs (abondance des allèles et/ou des génotypes) sont demandés de la même manière, avec des paramètres disponibles supplémentaires :

from emodpy_malaria.reporters.builtin import *
add_report_vector_genetics(task, manifest, species = 'gambiae',
                            gender = 'VECTOR_FEMALE',
                            include_vector_state = False,
                            stratify_by = 'ALLELE_FREQ')

Relier le génotype au phénotype

Le paramètre de configuration Insecticides est une liste de dictionnaires, un par insecticide. Pour chaque insecticide, les modifications spécifiques au génotype de tuer, bloquer, repousser et tuer les larves peuvent être définies et la résistance peut être ajoutée en utilisant add_insecticide_resistance(). Dans cet exemple, tous les vecteurs A. gambiae ayant une combinaison d’allèles “bb” seront complètement résistants aux pyréthrinoïdes.

from emodpy_malaria import vector_config as vector_config
vector_config.add_insecticide_resistance(config, manifest, "pyrethroid", "gambiae", 
                                          allele_combo=[["b", "b"]],
                                          blocking=0.0, 
                                          killing=0.0,
                                          repelling=0.0,
                                          larval_killing=0.0)