Mise à jour du fichier de configuration

Le fichier de configuration contient les paramètres de base d’EMOD. Nombre de ces paramètres ont été établis par l’équipe chargée de la lutte contre le paludisme et peuvent être définis à l’aide de la fonction set_team_defaults() ; cependant, il se peut que vous deviez mettre à jour divers paramètres de configuration pour vos simulations. Ces paramètres peuvent être étudiés plus en profondeur dans la documentation sur la configuration d’EMOD. De manière générale, les paramètres de configuration peuvent être utilisés pour configurer certaines choses dans les catégories suivantes : médicaments et traitements, activation/désactivation des fonctionnalités, maladie générale, géographie et environnement, immunité, incubation, infectiosité et transmission, fichiers d’entrée, habitat larvaire, migration, mortalité et survie, paramètres de sortie, dynamique des parasites, dynamique des populations, échantillonnage, scalaires et multiplicateurs, configuration de la simulation, symptômes et diagnostic, contrôle des vecteurs, et cycle de vie des vecteurs.

Pour les paramètres qui ne changeront pas souvent, vous pouvez les coder directement dans la fonction de configuration (appelée set_param_fn() dans le mode d’emploi), alors qu’il peut être intéressant d’appeler d’autres paramètres en tant que variable globale, comme sim_years, qui peut être définie et ensuite référencée dans la fonction de configuration.

Dans cet exemple, nous montrons comment changer les paramètres Simulation_Duration et Run_Number, mais la structure config.parameters.X fonctionne pour n’importe quel paramètre de configuration. La durée de la simulation est fixée en jours, et dans cet exemple, elle est fixée à 5 ans (5 ans * 365 jours/an).

sim_years = 5

def set_param_fn(config):
    import emodpy_malaria.malaria_config as conf
    config = conf.set_team_defaults(config, manifest)
              
    #mettre à jour la durée de la simulation et le nombre d'exécutions (semences aléatoires)
    config.parameters.Simulation_Duration = sim_years*365
    config.parameters.Run_Number = 0
    return config

Activer les naissances et les décès

La dynamique vitale peut être spécifiée de la même manière que les paramètres de configuration généraux ; cependant, emodpy inclut functionality pour maintenir automatiquement les fichiers démographiques et de configuration alignés. Par exemple, si un taux de natalité est défini dans les données démographiques, Enable_Vital_Dynamics et Enable_Birth seront automatiquement activés, et vice versa. Les taux de natalité peuvent être spécifiés par Birth_Rate_Dependence pour dépendre d’un certain nombre de facteurs :
- “NONE” - “FIXED_BIRTH_RATE” - “POPULATION_DEP_RATE” - “DEMOGRAPHIC_DEP_RATE” - “INDIVIDUAL_PREGNANCIES” - “INDIVIDUAL_PREGNANCIES_BY_AGE_AND_YEAR”

De même, Death_Rate_Dependence détermine la probabilité pour les individus de mourir de causes naturelles, non liées à la maladie, lorsque Enable_Natural_Mortality=1, et peut être réglé sur : - “NOT_INITIALIZED” - “NONDISEASE_MORTALITY_BY_AGE_AND_GENDER” - “NONDISEASE_MORTALITY_BY_YEAR_AND_AGE_FOR_EACH_GENDER”

Des descriptions détaillées des dépendances sont disponibles ici.

Dans cet exemple, nous avons un taux de natalité fixe (le nombre d’enfants nés chaque année est indépendant de la population modélisée), des taux de mortalité globaux spécifiques à l’âge et au sexe (définis dans le fichier démographique), et pas de mortalité due au paludisme. Ces paramètres doivent être définis dans la fonction config builder. Sur la base d’une démographie incluant une dynamique vitale d’équilibre, Enable_Vital_Dynamics, Enable_Birth, et Enable_Natural_Mortality seront déjà à 1 (activés) et Enable_Disease_Mortality sera à 0 (désactivé), nous n’avons donc qu’à définir les dépendances de taux.

def set_param_fn(config):
    import emodpy_malaria.malaria_config as conf
    config = conf.set_team_defaults(config, manifest)
              
    #mettre à jour la dépendance des taux de natalité et de mortalité
    config.parameters.Birth_Rate_Dependence = 'FIXED_BIRTH_RATE'
    config.parameters.Death_Rate_Dependence = 'NONDISEASE_MORTALITY_BY_AGE_AND_GENDER'
    return config