Obtenir le climat

Demander des fichiers météorologiques à l’API climat

Créer des fichiers climatiques

Une fois que nous avons généré un fichier démographique décrivant les nœuds d’une simulation, nous pouvons demander et télécharger des fichiers météorologiques à l’aide de l’API idmtools pour COMPS SSMT. La façon la plus simple de procéder est de fournir à votre script un fichier csv contenant les éléments de base de la demande de site, y compris le nom du site, la latitude, la longitude et l’ID du nœud, comme dans le fichier “example_site.csv” ici :

name	lat	lon	nodes
exemple_site	1.00	1.00	1

Ce csv est passé comme site_file à la fonction generate_weather() de emodpy-malaria avec node_column qui fournit le nom de notre colonne d’ID de noeud dans le csv et local_dir qui spécifie le répertoire de sortie. A partir de là, nous pouvons aussi spécifier des choses comme : - platform : où l’élément de travail de la demande sera exécuté (Calculon s’il est associé à IDM) - start_date et end_date : identifient la période de temps pour laquelle nous sommes intéressés par la demande de données météorologiques. - id_reference : spécifie l’attribut IDReference pour les métadonnées météorologiques - force : drapeau assurant qu’une nouvelle requête est soumise même si les fichiers existent dans le local_dir

import tempfile
from pathlib import Path
from emodpy_malaria.weather import generate_weather
# ---| Demande de fichiers météo |---
# Demande de séries temporelles météorologiques, pour les nœuds listés dans un fichier .csv ('exemple_site.csv' ici)
wr = generate_weather(platform="Calculon",
                      site_file="./inputs/exemple_site.csv",
                      start_date=2019001, #YYYYddd
                      end_date=2019365, #YYYYddd
                      node_column="nodes",
                      local_dir="./inputs/example_weather/",
                      id_reference="Gridded world grump2.5arcmin",
                      force=True)
print("\n".join(wr.files))

Après avoir effectué ces étapes, des fichiers climatiques pour la température de l’air, les précipitations et l’humidité relative devraient se trouver dans votre dossier d’entrées. Pour les référencer lors de l’exécution d’une simulation, mettez à jour les paramètres de configuration afin de refléter le nom et l’emplacement de vos fichiers climatiques :

def set_param_fn(config):
    import emodpy_malaria.malaria_config as conf
    config = conf.set_team_defaults(config, manifest)
    
    #Add climate files
    config.parameters.Air_Temperature_Filename = os.path.join('climate','example_air_temperature_daily.bin')
    config.parameters.Land_Temperature_Filename = os.path.join('climate','example_air_temperature_daily.bin')
    config.parameters.Rainfall_Filename = os.path.join('climate','example_rainfall_daily.bin')
    config.parameters.Relative_Humidity_Filename = os.path.join('climate', 'example_relative_humidity_daily.bin')
    return config

D’autres instructions de démarrage sont disponibles dans le dépôt emodpy-malaria, y compris des informations sur la conversion des fichiers météorologiques en fichiers csv pour modification (comme l’augmentation de la température), puis à nouveau en fichiers météorologiques.